液相芯片捕獲測序解決方案TargetSeq®

在線 定制 Panel,40 個工作日,常規 200-1000× 深度

產品簡介

TargetSeq®液相芯片捕獲測序是iGeneTech™自主研發的目標區域基因檢測方案,TargetSeq®基于多因素算法對目標區域基因組進行設計,然后合成出有效的特異性探針, 進而與基因組DNA進行液相雜交,將目標區域序列進行捕獲并富集后,使用主流的illumina、Life Technology等測序平臺進行高通量測序。 通過對大量樣本的目標區域研究,有助于發現和驗證疾病相關的目標基因和關鍵位點,在臨床診斷和藥物開發方面有著巨大的應用空間, 同時在農業領域相關研究中也有廣泛應用的潛力。

技術優勢

可按特異需求個性化定制panel,采用高效算法結合質量分析模塊快速尋找探針,支持多個物種任意區域的設計;流程化的全自動探針設計方案,從輸入到輸出只需要一步;

從熱力學角度進行全基因組水平的探針特異性分析,以及基于熱力學的二級結構(如二聚體、發卡結構等)分析,還原真實生化反應環境;

自主研發的液相探針捕獲技術(TargetSeq®),其與核酸文庫結合捕獲效率更高,200X-1000X測序深度,平均覆蓋度接近100%;

Panel定制40個工作日,建庫測序分析21個工作日,可立項共同完成產品的技術開發,檢測產能 >10000 樣 / 月,可同時定制數十種Panel;

自有的中國人群突變數據庫(iGeneTechBase) >5000 例數據,分析中能有效過濾中國人群特異的非致病位點 。

iGeneTechTM液相芯片捕獲測序覆蓋均一度重復性
iGeneTechTM數據優勢

應用領域

科研
科研: 研究特定疾病發生的遺傳變異,如單基因遺傳病、罕見疾病基因檢測等。
臨床
臨床:用于癌癥易感位點檢測、單基因遺傳位點檢測、心腦血管用藥指導基因檢測等。
健康
健康:用于疾病預防及管理,生活方式指導等相關的大眾消費基因檢測。
農業
農業:用于品系鑒定、優勢性狀篩選、群體遺傳學分析、親緣關系分析等。

服務流程

平臺介紹

實驗技術平臺 實驗技術簡介
捕獲芯片 自主研發 捕獲區域可由用戶自由定義,用戶可以在我們提供的目標區域分析網站( http://tools.igenetech.com/getregion)上自由分析目標區域,數據庫可以選擇RefSeq, CCDS, Ensembl, VEGA等,以及是否包括UTR區域。
測序平臺 Illumina HiSeq系列, XTen等 HiSeq 系列是Illumina公司使用最新推出的高通量測序儀, 這款新一代的測序系統將讓研究人員和臨床醫生能夠在大約24小時內完成整個基因組的儀器, 該測序平臺具有無與倫比的速度和通量、前所未有的靈活性、卓越的數據質量、最廣泛的應用范圍。是目前科研與臨床應用的首選測序平臺。 而XTen測序系統包括10臺HiSeq X 測序儀,更適合群體規模的測序項目。
分析平臺 軟件:Cutadapt, FastQC, BWA, Samtools, Picard, GATK, ANNOVAR... 生物信息分析流程部署在云端,實現全自動化數據分析、報告生成與存儲管理。 自有的中國人群數據庫(iGeneTechBase) >5000 例數據,分析中能有效過濾中國人群特異的非致病位點。
數據庫:RefGene, 1000Genome, ESP6500, dbSNP, iGeneTechBase, OMIM...

案例介紹

研究目的:通過目標區域平行測序高通量的檢測臨床腫瘤樣本的基因組變異。

研究方法:通過對12個腫瘤組織進行研究,從石蠟包腫瘤組織中提取,DNA,DNA經過預擴增和定量后, 靶向捕獲了137個腫瘤相關基因(基因是對COSMIC數據庫文本挖掘獲?。┦褂胕llumina Hiseq2000進行測序。 數據使用BWA軟件對原始數據基于reference hg18進行比對,由GATK軟件計算SNP、indel, 由hME validation對堿基置換和indels做進一步驗證,根據比對的depth數據進行評估計算得到拷貝數變異數據。

部分結論:獲取到樣本平均深度為400X的數據,通過與臨床其他方法相比較獲得更精確的單核苷酸變異、 小的插入缺失和拷貝數變異用于后續研究。

Sample Aligned(%) Initial bases on target Coverage of target region Fraction of effective bases on target Average sequencing depth on target Fraction of target covered with at least 10X Fraction of target covered with at least 20X
1 98.8 483292 100.00% 40.10% 237.32 100.00% 99.80%
2 99.4 483292 100.00% 40.10% 219.48 100.00% 99.70%
3 98.81 483292 100.00% 40.10% 202.02 99.99% 99.70%
4 98.85 483292 100.00% 40.10% 237.56 99.99% 99.70%
5 98.4 483292 100.00% 40.10% 230.67 99.99% 99.70%

樣品要求

樣品類型 樣品規格 樣品采集/運輸
DNA(新鮮/冰凍樣品) >1.0μg,濃度>20ng/μl 干冰運輸
血液(全血) >1ml EDTA抗凝,2-8 °C冷藏運輸
新鮮組織 >500mg 低于-20 °C(干冰)冷凍運輸
唾液 >1ml 唾液保存液混合可室溫運輸,直接收集唾液需冷凍運輸
CtDNA >1ml 要求血漿,干冰運輸
DNA(取自FFPE) >1.5μ,濃度>20ng/μl 干冰運輸
細胞 >8×10 6 去除培養液,PBS清洗1次后液氮速凍,干冰運輸
石蠟切片 >5片 10×10mm面積,常溫運輸,穿刺組織>10片
石蠟包埋塊 >1塊 不小于1×1×1mm常溫運輸
單細胞 >8×106 液氮速凍,干冰運輸

常見問題

1. 如何選擇合適的有效測序深度?

答:目標區域捕獲測序常規有效深度一般推薦大于200×,但可以根據具體的研究目的進行調整。

2. 在捕獲過程中,影響捕獲的特異性的因素有哪些?

答:捕獲的特異性受各種因素影響,如捕獲探針的設計不佳,捕獲條件不理想,基因組 DNA 中重復序列的封閉不充分及基因組 DNA 與 捕獲探針的比例不合適等因素都會影響捕獲的特異性。