多重PCR捕獲測序解決方案MultipSeq®

超高多重引物 設計合成與優化, 21 個工作日, 5000× 以上深度

技術簡介

MultipSeq®多重PCR靶向捕獲測序是iGeneTech™自主研發的一種針對臨床級確定基因熱點的超速檢測模式,即在保證擴增均一性的前提下 ,對SNP, Indel等幾千甚至上萬個位點進行快速靶向線性擴增后,使用主流的測序平臺(illumina、Life Technology等)進行大批量樣本平行檢測與深度分析的整體解決方案。 iGeneTech™同時推出了完全開放型的自動設計平臺與指導式的標準生產流程, 可以為客戶提供完全定制化的多參數引物設計服務,極大地提高了捕獲優化效率并降低漏檢率,同時無需進行繁冗的文庫構建, 5個工作日即可完成整個流程,使二代測序檢測技術進入超快速精準醫學時代。

技術優勢

按特異需求個性化定制Panel,支持多個物種上千任意位點的設計; 流程化的全自動引物設計方案,從輸入到輸出只需要一步;

自主研發的多重PCR技術MultipSeq®, 結合熱力學參數進行全基因組水平的特異性引物設計;

自主設計的多重PCR引物質量分析平臺PrimerQC™, 多角度評估引物質量,以確保引物高效率、特異性的結合到目的基因片段上;

引物特異性更高,5000X以上的測序深度,平均覆蓋度達99%;

10ng的起始量,使得少量的石蠟切片即可進行檢測, 可檢測到外周血中頻率極低的ctDNA中腫瘤細胞的含量,使后期的早期篩查與實時監測成為了可能。

iGeneTech™采用pooling策略設計PCR引物以達到最高覆蓋率
iGeneTech™多重PCR捕獲測序覆蓋均一度重復性

應用領域

科研
科研: 研究特定疾病發生的遺傳變異,如腫瘤、個體化用藥、藥物代謝基因檢測等。
臨床
臨床:用于腫瘤易感基因檢測、低頻腫瘤游離DNA監測等。
健康
健康:用于腫瘤風險評估,家族遺傳咨詢指導、生活方式指導等相關的大眾消費基因檢測。
農業
農業:用于品系鑒定、GWAS分析、優勢性狀篩選等。

服務流程

平臺介紹

實驗技術平臺 實驗技術簡介
引物設計與評估 MultipSeq®、PrimerQC™ 我公司擁有世界領先的PCR 引物設計及優化團隊,有自主開發的在線超高多重PCR引物設計平臺MultipSeq® 及引物評估系統PrimerQC™,全基因組水平分析設計引物特異性, 設計引物結果避免產生二聚體、發卡結構、非特異擴增等情況 。 目前平臺可在線設計并調整參數,可更加自由、便捷、快速的在云端實現PCR 引物設計。
測序平臺 Illumina HiSeq系列,XTen HiSeq系列是Illumina公司使用最新推出的高通量測序儀, 這款新一代的測序系統將讓研究人員和臨床醫生能夠在大約24小時內完成整個基因組的儀器, 該測序平臺具有無與倫比的速度和通量、前所未有的靈活性、卓越的數據質量、最廣泛的應用范圍。 是目前科研與臨床應用的首選測序平臺。而XTen測序系統包括10臺HiSeq X 測序儀,更適合群體規模的測序項目。
分析平臺 軟件:Cutadapt, FastQC, BWA, Samtools, Picard, GATK, ANNOVAR... 數據分析流程部署在云端,實現全自動化數據分析、報告生成與存儲管理。
數據庫:RefGene, 1000Genome, ESP6500, dbSNP, OMIM...

案例介紹

研究目的:利用多重靶向捕獲測序研究腫瘤患者血漿ctDNA中的突變。

研究方法:針對腫瘤相關基因設計引物,包括P53,EGFR,BRAF,和KRAS等,利用Tam-Seq(tagged-amplicon deep sequecing)測序,對腫瘤患者血漿進行多重靶向捕獲測序,研究相關基因在不同時期的突變。

部分結論:在對38例高水平ctDNA患者血漿的分析中發現,TP53的等位基因突變頻率為2%-65%。從一個患者的血漿樣本中,還發現了一個EGFR的新生突變,這在15個月前對腫塊本身中并未發現, 其中2例卵巢癌和1例乳腺癌患者不同時間點血漿樣本的ctDNA測序結果顯示,追蹤檢測到了多達10個相似突變。研究者表示等位基因的突變水平反映疾病及其治療的臨床過程,疾病穩定與低等位基因突變頻率相關。而疾病復發表現出突變頻率上升。

樣品要求

樣品類型 樣品規格 樣品采集/運輸
DNA(新鮮/冰凍樣品) >1.0μg,濃度>20ng/μl 干冰運輸
血液(全血) >1ml EDTA抗凝,2-8 °C冷藏運輸
新鮮組織 >500mg 低于-20 °C(干冰)冷凍運輸
唾液 >1ml 唾液保存液混合可室溫運輸,直接收集唾液需冷凍運輸
CtDNA >1ml 要求血漿,干冰運輸
DNA(取自FFPE) >1.5μ,濃度>20ng/μl 干冰運輸
細胞 >8×10 6 去除培養液,PBS清洗1次后液氮速凍,干冰運輸
石蠟切片 >5片 10×10mm面積,常溫運輸,穿刺組織>10片
石蠟包埋塊 >1塊 不小于1×1×1mm常溫運輸
單細胞 >8×106 液氮速凍,干冰運輸